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十二指腸潰瘍在X線鋇劑檢查時所顯示的完影，是其間接影像，而在內窺鏡下所見為其直視下的自然形態，且由于檢查的痛苦少，易于反復檢查，不存在X線的照射劑量問題，可以觀察其動態變化及轉歸。
士二指腸潰瘍呈粘膜淺表缺損，范圍常較小，形態各一異，約3/4為圓形或橢圓形，其余呈線狀、不規則形或三角形。少數的潰瘍亦可大而深，伴有腫脹的邊緣。約1/4患者的渡瘍為多發性，邊緣常不規則或皺縮，周圍常有充血，色釋由淺紅、粉紅至深紅。潰瘍旁炎癥枯膜上常同時有糜爛，形態與潰瘍相似，但較小而淺。潰瘍有時可埋藏于腫脹的粘膜內而不易見到，潰瘍表面常有一層黃白色薄苔搜蓋。
潰瘍愈合時，枯膜腫脹逐漸消退，邊緣顯露清楚，潰瘍 “變為扁平，逐漸縮小，顏色由黃色變為灰白色，最后愈合， :潰瘍消失遺下淺黃色旅痕，周圍炎癥則消退較慢。疙痕常為錢狀，常稱為線形癱痕，有時呈不規則形或分枝狀，可以很辦。周圍的枯膜往往向病變集中，呈放射狀，可致成十二指揚球部變形、崎形，甚至形成假憩室。有時一個潰瘍愈合，麗又有新的潰瘍出現，或者鄰近的糜爛融合成為新的潰瘍.
大多數十二指腸潰瘍易同時合并有十二指腸炎，往往潰瘍已愈合，而十二指腸炎尚經久不退，有時枯膜腫脹，水腫明顯，可見有出血點、出血斑。炎癥可遍及十二指腸整個球腔，亦可呈片塊狀分布，片塊之間的枯膜尚正常，亦可有枯膜粗糙不平。反復發作潰瘍的結果可使幽門管變形，清晰的邊緣消失，使十二指腸球部嚴重變形。
約有5%的十二指腸潰瘍位于球后，常位于壺腹之上的十二指腸降部后壁和內側壁，在壺腹之下者很少，這種球后潰瘍常易發生出血。在懷疑有球后潰瘍時，應進一步將纖維內窺鏡向下送至十二指腸降部。有時由于局部狹窄和粘膜水腫、局部痙攣，而使內窺鏡擂入困難，需注射抗膽堿能類藥物來擴張十二指腸以便觀察。在已肯定有十二指腸潰瘍的患者，尚應注意檢查胃部，如合并有胃潰瘍即是復合潰瘍。